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亲我最近在做系统发育分析我把树已经建好了可

来源:未知 作者:澳门金沙6088.com 时间:2019-07-30 03:44

  亲,我最近在做系统发育分析 ,我把树已经建好了,可是不会分析,麻烦亲给讲一下好吗?都需要分析什么,怎

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  关于系统净化树,我以前在就读生物信息学的时候做个简易的系统发育树,使用的是clustal X和MEGA软件。构建的发育树也就是系统进化树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称。你可以在丁香园和小木虫里面发个求助贴,里面高手多。

  系统发育树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。这个需要看你的构建的发育树具体参数怎么设置的。

  用于构建系统发育树的数据有二种类型:一种是特征数据(characterdata),它提供了基因、个体、群体或物种的信息;二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata),它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得,但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的,距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型,并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统发育树的构建质量依赖于距离估算的准确性。

  我用MEGA做出来N——J法的发育树,做出来的树就很直观了,上面就已经清楚滴标示出你的目的基因属于哪个种属,一般不需要大量的分析。具体情况如下:

  1.首先要确定代表株:为啥选那些作为代表,一般是选择经典的,有文献参考的或者地域或年份等特定特征

  4.统筹分析整个树,你选择哪部分片段构建的树,为什么这样选择,作出这样的树能揭示怎样的进化规律

  这个是我以前参照的方法。详细情况你可以查查 生物信息学 这本书籍,里面有关于这个的详细介绍。

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