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建系统发育树时怎么样才能调高bootstr

来源:未知 作者:澳门金沙6088.com 时间:2019-08-16 21:34

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  1. 准备序列文件 准备fasta格式序列文件(fasta格式:大于号后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。 核酸序列: sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列: sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2. 多序列比对 打开MEGA 5,点击Align,选择Edit/Build Alignment,选择Create a new alignment,点击OK。 → 这时需要选择序列类型,核酸(DNA)或氨基酸(Protein) 选择之后,在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列(如果所有序列在同一个文件中,即可全选序列,复制)。也可以:点击Edit,选择Insert Sequence From File,选择序列文件(可多选)。 序列文件加载之后,呈蓝色背景(为选中状态)。点击按钮 ,选择Align DNA(如果是氨基酸序列,则会出现Align Protein)。弹出的窗口中设置比对参数,一般都是采用默认参数即可。点击OK,开始多序列比对。 比对完成后,呈现以下状态。 这时需要截齐两端含有---的序列:选中含有---的序列,按键Delete删除(注意:两端都需要截齐)。截齐之后,保存文件为:filename.mas ↓ 3. 构建系统进化树 多序列比对窗口,点击Data,选择Phylogenetic Analysis,弹出窗口询问:所用序列是否编码蛋白质,根据实际情况选择Yes或No。此时,多序列比对文件就激活了,可以返回MEGA 5主界面建树了。 EGA 5主界面。点击Phylogeny,选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问:是否使用当前激活的数据,选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框,更改No. of Bootstrap Replications为1000,其他参数默认即可,点击Compute。 这里解释一下,Construct/Test Maximum Likelihood Tree…(ML)或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…(NJ)或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…(ME)为三种不同的建树方法,NJ方法最常用。 建树完成,效果如下所示。注意,要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。

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